Для ферментов характерна локализация в определенных органах, тканях, клетках или локусах клетки. Например, ферменты дыхания локализованы на митохондриальной мембране, ферменты окисления высших жирных кислот – в митохондриальном матриксе, гликолитические ферменты – в цитозоле.