В основе деления ферментов на классы лежит тип катализируемой реакции. Классы в свою очередь делятся на подклассы и подподклассы.

1. Оксидоредуктазы. К этому классу относятся ферменты, катализирующие какие-либо окислительно-восстановительные реакции. Оксидоредуктазы принимают участие в транспорте протонов и электронов. К этому классу принадлежат различные пероксидазы, оксидазы, дегидрогеназы, гидроксилазы, оксигеназы. Класс включает 22 подкласса.

2. Трансферазы. Эти ферменты катализируют перенос какой-либо функциональной группы атомов с одной молекулы на другую. К этому классу принадлежат различные киназы (фосфотрансферазы), аминотрансферазы (трансаминазы) и др. Класс включает 9 подклассов.

3. Гидролазы. В этот класс входят ферменты, катализирующие реакции гидролиза с присоединением по месту разрыва связи продуктов диссоциации молекул воды – ионов водорода и гидроксидионов. К этому классу принадлежат различные пищеварительные ферменты – трипсин, химотрипсин, пепсин, липаза и др. Класс включает 13 подклассов.

4. Лиазы. Катализируют отщепление определенных групп атомов, разрыв ковалентных связей C-C, C-O, C-S, C-N. В результате образуется кратная (чаще всего двойная) связь. Могут катализировать и обратную реакцию. Класс включает 7 подклассов.

5. Изомеразы. Катализируют обратимые взаимопереходы цис-транс изомеров, оптических изомеров и др. В частности, катализируют реакцию превращения глюкозы во фруктозу и обратно.

6. Лигазы (синтазы, синтетазы). Катализируют реакции соединения с использованием энергии АТФ, креатинфосфата и др.

Каждый фермент имеет код, представляющий собой последовательность четырех чисел: номеров класса, подкласса, подподкласса и порядкового номера фермента в подподклассе. Так, 1.1.1.1. — алкогольдегидрогеназа, 1.1.1.27. — лактатдегидрогеназа, 6.5.1.1. – ДНК-лигаза.