В тонкий кишечник протеазы поступают из поджелудочной железы в виде проферментов трипсиногена, химотрипсиногена, прокарбоксипептидаз А и В, проэластазы. При частичном протеолизе проферментов от их молекулы отщепляется часть, маскирующая активный центр, и профермент превращается в активный фермент.

Трипсиноген активируется энтерокиназой; образующийся трипсин сам способствует превращению новых молекул трипсиногена в трипсин. При активации трипсиногена происходит гидролиз одной пептидной связи. С N-конца молекулы отщепляется гексапептид (так называемый ингибитор трипсина). Активный трипсин катализирует частичный гидролиз проферментов других кишечных протеаз. В результате образуются активные химотрипсин (3 изофермента), карбоксипептидаза А, карбоксипептидаза В, эластаза.

В желудке белки гидролизуются, как правило, до пептидов. В тонком кишечнике пептиды и белки пищи гидролизуются до свободных аминокислот. Трипсин, химотрипсин и эластаза являются эндопептидазами. Пептидные связи, образованные с участием карбоксигрупп диаминомонокарбоновых кислот лизина и аргинина, в меньшей степени моноаминомонокарбоновой аминокислоты изолейцина, гидролизуются трипсином. Химотрипсин специализируется на пептидных связях, образованных ароматическими аминокислотами фенилаланином, триптофаном, тирозином. Эластаза гидролизует пептидные связи, образованные с участием пролина.

Карбоксипептидазы являются экзопептидазами, отщепляющими аминокислоты с С-конца пептида. Карбоксипептидаза А отщепляет ароматические и алифатические аминокислоты, карбоксипептидаза В – лизин и аргинин.

Аминопептидаза кишечника активируется цистеином, ионами цинка, марганца.
Дипептидазы активируется цистеином, ионами кобальта, марганца.
Таким образом, протеазы тонкого кишечника способны полностью переварить белок.