Физиологический смысл многих упражнений йогов, если их освободить от религиозно-мистического толкования, становится понятным. Например, согласно учению йогов, в каждой клетке растительного и животного организма и в окружающей среде содержится «прана», некая абсолютная энергия мирового духа. Чем больше накопил человек «праны», тем он сильнее и умнее, У. Аткинсон, писавший под псевдонимом «Йог Рамача-рака», рекомендует такое упражнение: «Сделайте несколько глубоких вдохов, мысленно рисуя себе, что вы поглощаете большое количество праны, и в результате вы непременно почувствуете очень значительный прилив сил».

Отражается ли: на дыхании наша эмоциональная настройка и существует ли обратная связь? Из ежедневных самонаблюдений можно сделать вывод, что такая связь существует. При отрицательных эмоциях дыхание часто задерживается, становится стесненным, напряженным. Однако, как только наступила эмоциональная разрядка, дыхание становится свободным и глубоким без усилий. Достаточно вспомнить «вздох облегчения». Ясно, что существует и обратная физиологическая связь между дыханием и общим самочувствием.

Сложная система дыхательной гимнастики («пра-наяма»), так называемое «полное дыхание йогов», приводит не только к увеличению вентиляции легких и повышенному насыщению крови кислородом. Подчеркивается значение увеличенной экскурсии диафрагмы для самомассажа внутренних органов. Указывают на внушительную площадь диафрагмальной мышцы, которая при форсированном дыхании или дыхательных упражнениях йогов «опускается как совершенный нагнетательный насос, сжимая печень, селезенку, кишки, желудок, оживляя все портальное и брюшное кровообращение. Диафрагма опорожняет венозную систему живота и проталкивает кровь к грудной клетке. Это второе, венозное сердце. Систематически сжимая печень, диафрагма облегчает, а может быть и направляет, поток желчи, обеспечивая кровообращение в печени, и косвенно воздействует на все ее функции».

Система дыхательной гимнастики йогов, приемы расслабления мускулатуры и регулирования непроизвольных (вегетативных) функций, гигиенические правила йоги, сводящиеся к поддержанию особой чистоты тела, режиму труда и отдыха, определенной диете, регулированию функций кишечника, и другие приемы разумны в своей основе, несмотря на наивную аргументтацию. Судя по сохранившимся источникам, йоги понимали тесную связь между тонусом мускулатуры, мимикой и эмоциональным состоянием, умело используя эту связь в соответствующих упражнениях. Используя мышечную систему как наиболее поддающуюся непосредственному волевому контролю, посредством тренировки в расслаблении мышц они научились воздействовать на эмоционально-вегетативную сферу.
Черты сходства и различия метода аутогенной тренировки и практической системы йогических упражнений подробно разбирает один из создателей аутогенной тренировки И. Шульц в своей работе «Высшая ступень аутогенной тренировки и раджа-йога». Анализируя «асаны», он разделяет их на позы удобного положения, позы гипнотического значения и упражнения, имеющие самостоятельное лечебное значение.

Говоря о задачах изучения системы йогов и о ее сходстве с приемами аутогенной тренировки, И. Шульц указывал, что речь идет о том, чтобы с помощью средств научного наблюдения добиться разъяснения древних загадок, подобно тому, как гипнотизм был поднят «из затхлого прошлого мистики до научных методов лечения».

По свидетельству С. Радхакришнана, в Индии физические упражнения хатха-йоги входят в комплексы гигиенической гимнастики и используются миллионами людей. Психофизические упражнения раджа-йоги распространены меньше, главным образом в специальных учебных заведениях. Большинство современных авторов все же полагают, что сложность и громоздкость системы йоги делает ее практически неприемлемой для сколько-нибудь массового применения.